Michail Borisovič Chodorkovskij se narodil 26. června 1963 v Moskvě. Vystudoval Moskevskou chemicko-technologickou školu, později také Plechanovovu ekonomickou školu. Během studií byl aktivistou komsomolu a spolu s přítelem Platonem Lebeděvem v roce 1987 založil Centrum vědecko-technických programů, což byla jedna z prvních povolených možností k podnikání. Dalšími společníky byli jeho pozdější dlouholetí partneři Vladimir Dubov, Leonid Nevzlin a Michail Brudno. Mezi nimi se objevil i budoucí Putinův hlavní ideolog Vladislav Surkov, který měl ve společnosti na starost PR. Pro realizaci projektů centra vznikla firma Menatep, která ještě v roce 1988 založila stejnojmennou banku, jednu z prvních nestátních v SSSR. Ještě v roce 1989 vznikly firmy se jménem Menatep, zaregistrované ve Švýcarsku, v Budapešti a na Gibraltaru.
Chodorkovského zájem brzy směřoval do ropného průmyslu, v letech 1992 a 1993 byl kromě své podnikatelské činnosti také náměstkem ministrů paliv a energetiky. Byl jedním z oligarchů, kteří nabídli svou pomoc státu a především samotnému Borisi Jelcinovi ke znovuzvolení za možnost privatizace lukrativních státních společností. V roce 1995 tak získal ropnou společnost Jukos a finančně pomáhal Jelcinově předvolební kampani, za což obdržel děkovný diplom. Krach státních financí těžce zasáhl banku Menatep, která musela vyhlásit bankrot. Díky složitým propojením akcionáři nenesli odpovědnost, byli uznáni coby poškození.
Po nástupu Vladimira Putina na post ruského prezidenta Chodorkovskij podepsal dopis 17 velkých podnikatelů, žádajících propuštění Vladimira Gusinského z vězení, kam se dostal v rámci kampaně, která ho měla přinutit k prodeji televizního kanálu NTV. Současně se Chodorkovskij pokusil zajistit si politickou podporu tím, že spolufinancoval politické strany jako Jabloko, Svaz pravicových sil, ale i komunistickou stranu výměnou za volitelná místa na jejich kandidátkách pro managery Jukosu. Na setkání velkých podnikatelů s Vladimirem Putinem v červenci 2003 byl jediný, který se odvážil polemizovat s prezidentem ohledně korupce. "A vy jste privatizovali Jukos jak?," zněla suchá Putinova odpověď.
O několik měsíců později byl Chodorkovskij zatčen a obviněn z podvodu, nezákonné privatizace a neplacení daní. V květnu 2005 byl odsouzen k devíti letům vězení, nadále je proti němu vedeno stíhání z dalších trestných činů, v současnosti probíhá další proces.
Podle znalců ruské politiky byl vybrán na roli obětního beránka a výstrahy pro další oligarchy ani ne tak pro své politické ambice, jako spíše pro příliš nezávislou obchodní politiku. Krom jiného plánoval postavit soukromý ropovod do Číny, což bylo v přímém rozporu se záměrem Vladimira Putina kontrolovat veškerý export.
Je podruhé ženatý, z prvního manželství má syna, z druhého dceru a dva syny.
